Pelo acordo, o Brasil participa da seguinte maneira: o governo brasileiro contrata junto às indústrias nacionais a construção de algumas partes da espaçonave. As indústrias nacionais recebem o dinheiro, desenvolvem as partes e exportam o material para os EUA, a partir de onde serão levadas ao espaço pelo ônibus espacial para integração na EEI. Em troca correspondente ao valor das partes anexadas à espaçonave, o Brasil tem direito de: usar as instalações científicas da EEI para pesquisas nacionais, transporte de ida e volta dos experimentos pelo Ônibus Espacial, tempo de tripulação para execução das mesmas.
A Agência Espacial Brasileira (AEB) é a instituição designada, desde 1997, pelo Governo Brasileiro para gerenciar toda a administração do projeto da participação brasileira na EEI. A AEB é, portanto, a única responsável legal e competente para todas as decisões administrativas sobre o projeto como corte ou continuidade da cooperação internacional, definição de prioridades, obtenção e utilização de orçamentos, etc.
O Presidente da AEB é o administrador geral brasileiro do contrato da participação brasileira no projeto.